В соответствии с подпунктом 1 пункта 2 статьи 40 Налогового кодекса налоговые органы вправе проверять правильность применения цен по сделкам между взаимозависимыми лицами с целью доначисления налогов и пеней.

Статья 20 Налогового кодекса

1. Взаимозависимыми лицами для целей налогообложения признаются физические лица и (или) организации, отношения между которыми могут оказывать влияние на условия или экономические результаты их деятельности или деятельности представляемых ими лиц, а именно:

1) одна организация непосредственно и (или) косвенно участвует в другой организации, и суммарная доля такого участия составляет более 20 процентов. Доля косвенного участия одной организации в другой через последовательность иных организаций определяется в виде произведения долей непосредственного участия организаций этой последовательности одна в другой;

2) одно физическое лицо подчиняется другому физическому лицу по должностному положению;

3) лица состоят в соответствии с семейным законодательством Российской Федерации в брачных отношениях, отношениях родства или свойства, усыновителя и усыновленного, а также попечителя и опекаемого.

2. Суд может признать лица взаимозависимыми по иным основаниям, не предусмотренным пунктом 1 настоящей статьи, если отношения между этими лицами могут повлиять на результаты сделок по реализации товаров (работ, услуг).

Извлечения из Информационного письма Президиума Высшего Арбитражного Суда РФ от 17 марта 2003 г. № 71 «Обзор практики разрешения арбитражными судами дел, связанных с применением отдельных положений части первой Налогового кодекса Российской Федерации»:

«1. …

Как видно из материалов дела, налоговый орган посчитал заявителя и его контрагента взаимозависимыми лицами на том основании, что учредителями данных организаций являются одни и те же граждане, которые заинтересованы во взаимодействии своих организаций и установлении выгодных условий купли-продажи.

Поскольку приведенное основание не предусмотрено пунктом 1 статьи 20 НК РФ, заявитель полагал, что проверка ответчиком [налоговым органом] правильности применения цен могла быть осуществлена только после признания судом факта взаимозависимости лиц по заявлению налогового органа. Несоблюдение данного порядка влечет недействительность решения о доначислении налога и пеней.

Суд отклонил эти доводы заявителя по следующему мотиву. Установление факта взаимозависимости лиц по обстоятельствам иным, чем перечисленные в пункте 1 статьи 20 НК РФ, осуществляется судом с участием налогового органа и налогоплательщика в ходе рассмотрения дела, касающегося обоснованности решения о доначисления налогов и пеней.

Оценив представленные сторонами доказательства, суд признал заявителя и его контрагента взаимозависимыми лицами и рассмотрел по существу вопрос о правильности расчета доначисленных налогов и пеней.

2. Юридическое лицо и его руководитель с учетом конкретных обстоятельств могут быть признаны взаимозависимыми лицами в смысле статьи 20 НК РФ.

…

Как видно из имеющихся в деле документов, общество (ответчик) продало 35 квартир своему директору. При этом собственником 100% акций общества являются директор и его сын.

Решение о продаже, цене продажи и рассрочке платежа было принято на общем собрании акционеров (в составе двух указанных граждан).

…

В данном случае характер взаимосвязи покупателя и продавца свидетельствует о возможном влиянии этой связи на условия и результаты сделки, поэтому они должны быть признаны взаимозависимыми лицами в смысле пункта 2 статьи 20 НК РФ и в целях применения положений статьи 40 Кодекса [Налогового кодекса].

Поскольку суд первой инстанции, не признав продавца и покупателя взаимозависимыми лицами, не исследовал вопрос о соотношении цены сделки и рыночной цены на проданные квартиры и не дал оценки представленным налоговым органом доказательствам, дело подлежит направлению на новое рассмотрение для разрешения указанного вопроса.

В другом случае суд признал взаимозависимыми лицами два общества с ограниченной ответственностью, поскольку руководитель одного из обществ имел долю в размере 25% во втором обществе.

Данный вывод был поддержан судами апелляционной и кассационной инстанций».